sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.75 2003/05/07 22:53:36 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  30                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  31   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " "")))))
  40     `(concatenate
  41       'string
  42       ,%%fields
  43       ,@(when %%where (list %%where))
  44       ,@(when %%where
  45               `((typecase ,where-value
  46                   (number
  47                    (concatenate 'string "=" (write-to-string ,where-value)))
  48                   (null
  49                    " is null")
  50                   (t
  51                    (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  52       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  53       ,@(when %%order (list %%order))
  54       ,@(when single (list " limit 1")))))
  55
  56 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  57                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  58   (concatenate
  59    'string
  60    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  61            (if distinct "distinct " "") fields table)
  62    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  63    (if where-name
  64        (format nil
  65                (typecase where-value
  66                  (number "=~D")
  67                  (null " is null")
  68                  (t
  69                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  70                where-value)
  71        "")
  72    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  73    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  74    (if single " limit 1" "")))
  75
  76
  77 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  78                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  79   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  80 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  81   `(mutex-sql-query
  82     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  83      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  84
  85 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  86                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  87   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  88 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  89   `(mutex-sql-query
  90     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  91      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  92
  93 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  94 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  95                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  96                                     order like)
  97                              &body body)
  98   (let ((value (gensym))
  99         (r (gensym)))
 100     (if single
 101         `(let* ((,value ,where-value)
 102                 (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 103                                           :lrl ,lrl :single ,single
 104                                           :distinct ,distinct :order ,order
 105                                           :like ,like))))
 106           ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 107           (when tuple
 108                 (destructuring-bind ,fields tuple
 109                   ,@body)))
 110         `(let ((,value ,where-value))
 111            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 112            (let ((,r '()))
 113              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 114                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 115                                           :order ,order :like ,like))
 116                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 117              (nreverse ,r))
 118            #+ignore
 119            (loop for tuple in
 120                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 121                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 122                                :order ,order :like ,like)
 123                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 124
 125 (defmacro with-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 126                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 127                                          order like)
 128                                   &body body)
 129   (let ((value (gensym))
 130         (r (gensym))
 131         (eval-fields (cadr fields)))
 132     (if single
 133         `(let* ((,value ,where-value)
 134                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 135                                                :lrl ,lrl :single ,single
 136                                                :distinct ,distinct :order ,order
 137                                                :like ,like))))
 138           (when tuple
 139             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 140               ,@body)))
 141         `(let ((,value ,where-value)
 142                (,r '()))
 143            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                              :order ,order :like ,like))
 146              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 147            (nreverse ,r)
 148            #+ignore
 149            (loop for tuple in
 150                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 151                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 152                                     :order ,order :like ,like)
 153                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 154
 155 ;;;
 156 ;;; Read from SQL database
 157
 158 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 159   "Find ucon for a cui"
 160   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 161     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui) :pfstr kpfstr
 162                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 163
 164 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 165   "Find ucon for a cui"
 166   (with-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 167     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui) :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 168                    :pfstr nil)))
 169
 170 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 171   "Find preferred string for a cui"
 172   (with-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui (parse-cui cui) :single t)
 173     kpfstr))
 174
 175 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 176   "Find list of ucon for lui"
 177   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui (parse-lui lui)
 178                             :distinct t)
 179     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 180                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 181
 182 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 183   "Find list of ucon for sui"
 184   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui (parse-sui sui)
 185                             :distinct t)
 186     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 187                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 188
 189 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 190   "Find ucon for cui/sui"
 191   (when (and cui sui)
 192     (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 193                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 194       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 195                      :pfstr kpfstr
 196                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 197
 198 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 199   "Find ucon that are exact match for str"
 200   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 201     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 202                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 203
 204 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 205   "Return list of all ucon's"
 206   (with-sql-connection (db)
 207     (clsql:map-query
 208      'list
 209      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 210          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 211                         :pfstr pfstr
 212                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 213      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 214                    :order (cui asc) :distinct t)
 215      :database db)))
 216
 217 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 218   "Return list of all ucon's"
 219   (with-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 220                             :distinct t)
 221     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 222                    :pfstr kpfstr
 223                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 224
 225 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 226   "Map a function over all ucon's"
 227   (with-sql-connection (db)
 228     (clsql:map-query
 229      nil
 230      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 231          (funcall fn
 232                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 233                                  :pfstr pfstr
 234                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 235      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 236                    :distinct t)
 237      :database db)))
 238
 239
 240 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 241   "Return a list of udefs for cui"
 242   (with-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 243     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 244
 245 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 246   "Return a list of usty for cui"
 247   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui (parse-cui cui) :lrl "KLRL")
 248     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 249
 250 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 251   "Return a list of usty that match word"
 252   (with-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 253                             :distinct t)
 254     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 255
 256 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 257   "Return a list of urel for cui"
 258   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1
 259                             (parse-cui cui) :lrl "KSRL")
 260     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel
 261                    :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela :sab sab :sl sl
 262                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 263
 264 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 265   "Return a list of urel for cui2"
 266   (with-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2
 267                             (parse-cui cui2) :lrl "KSRL")
 268     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel
 269                    :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela :sab sab :sl sl
 270                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 271
 272 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 273   (loop for cui in (remove-duplicates
 274                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 275         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 276
 277 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 278   "Return a list of ucoc for cui"
 279   (with-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1
 280                             (parse-cui cui) :lrl klrl :order (cof asc))
 281     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 282     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 283     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2)
 284                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 285                    :pfstr2 kpfstr2)))
 286
 287 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 288   "Return a list of ucoc for cui2"
 289   (with-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2
 290                             (parse-cui cui2) :lrl klrl :order (cof asc))
 291     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 292     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 293     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2)
 294                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 295                    :pfstr2 kpfstr2)))
 296
 297 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 298   "List of ucon with co-occurance cui2"
 299   (mapcar
 300    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 301    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 302
 303 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 304   "Return a list of ulo for cui"
 305   (with-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui (parse-cui cui)
 306                            :lrl "KLRL")
 307     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un
 308                    :sui (ensure-integer sui) :sna sna :soui soui)))
 309
 310 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 311   "Return a list of uatx for cui"
 312   (with-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui (parse-cui cui) :lrl ksrl)
 313     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 314
 315
 316 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 317   "Return a list of uterm for cui"
 318   (with-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui (parse-cui cui)
 319                             :lrl kluilrl :distinct t)
 320     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 321                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 322
 323 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 324   "Return a list of uterm for lui"
 325   (with-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui (parse-lui lui)
 326                              :lrl kluilrl :distinct t)
 327     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 328                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 329
 330 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 331   "Return single uterm for cui/lui"
 332   (with-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 333                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 334                              :lrl kluilrl :single t)
 335     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 336                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 337
 338 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 339   "Return a list of ustr for cui/lui"
 340   (with-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui
 341                             (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 342     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 343                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 344                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 345
 346 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 347   "Return the single ustr for cuisui"
 348   (with-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui
 349                             (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 350     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 351                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str
 352                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 353
 354 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 355   "Return the list of ustr for sui"
 356   (with-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui (parse-sui sui)
 357                             :lrl lrl)
 358     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 359                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 360                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer lrl))))
 361
 362 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 363   "Return the list of ustr for sab"
 364   (with-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 365     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 366       (apply #'find-ustr-cuisui
 367              (append
 368               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 369               (list :srl srl))))))
 370
 371 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 372   "Return list of all ustr's"
 373     (with-sql-connection (db)
 374       (clsql:map-query
 375        'list
 376        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 377            (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 378                           :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 379                           :stt stt :str pfstr
 380                           :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 381                                                (ensure-integer sui))
 382                           :lrl (ensure-integer lrl)))
 383        (query-string mrcon (cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl
 384                      :distinct t
 385                      :order (sui asc))
 386        :database db)))
 387
 388 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 389   "Return the string associated with sui"
 390   (with-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 391     str))
 392
 393 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 394   (with-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui
 395                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 396       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 397
 398 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 399   (with-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc)
 400                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 401     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 402                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 403                    :rela rela :xc xc :rnk (ensure-integer rnk)
 404                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 405
 406 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 407   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 408     (cond
 409       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~D" (make-cuisui cui sui))))
 410       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~D and sui=0"
 411                                      (make-cuilui cui lui))))
 412       (t (string-append ls (format nil "cui=~D and lui=0 and sui=0" cui))))
 413     (when srl
 414       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~D" srl)))
 415     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 416           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 417             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 418
 419 (defun find-usty-tui (tui)
 420   "Find usty for tui"
 421   (with-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui (parse-tui tui) :single t)
 422     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 423
 424 (defun find-usty-sty (sty)
 425   "Find usty for a sty"
 426   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 427     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 428
 429 (defun find-usty-all ()
 430   "Return list of usty's for all semantic types"
 431   (with-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 432     (find-usty-tui tui)))
 433
 434 (defun find-usab-all ()
 435   "Find usab for a key"
 436   (with-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta
 437                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 438                                   cenc curver sabin) nil nil nil)
 439     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 440                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 441                    :sf sf :sver sver :mstart mstart :mend mend :imeta imeta
 442                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 443                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 444                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 445                    :curver curver :sabin sabin)))
 446
 447 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 448   "Find usab for a key"
 449   (with-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart
 450                                     mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 451                                     ttyl atnl lat cenc curver sabin)
 452                                   nil key-name key :single t)
 453     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 454                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 455                    :sf sf :sver sver :mstart mstart :mend mend :imeta imeta
 456                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 457                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 458                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 459                    :curver curver :sabin sabin)))
 460
 461 (defun find-usab-rsab (rsab)
 462   "Find usab for rsab"
 463   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 464
 465 (defun find-usab-vsab (vsab)
 466   "Find usab for vsab"
 467   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 468
 469 (defun find-cui-max ()
 470   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 471
 472 ;;;; Cross table find functions
 473
 474 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 475   "Find list of ucon for tui"
 476   (with-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui (parse-tui tui) :lrl klrl :order (cui asc))
 477     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 478
 479 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 480   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 481   (with-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 482                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 483     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 484
 485 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 486   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 487   (with-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 488                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 489     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 490
 491 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 492   "Return list of ustrs that match word"
 493   (with-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 494                                :order (cui asc sui asc))
 495     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 496
 497 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 498   "Return list of ustrs that match word"
 499   (with-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 500                                  :order (cui asc sui asc))
 501     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 502
 503 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 504   "Return list of ucons that match non-english word"
 505   (with-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 506                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 507     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 508
 509 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 510   "Return list of ustrs that match non-english word"
 511   (with-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 512                                   :order (cui asc sui asc))
 513     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 514
 515 ;; Special tables
 516
 517 (defun find-usrl-all ()
 518   (with-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 519     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 520
 521 ;;; Multiword lookup and score functions
 522
 523 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 524   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 525   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 526          (ucons '()))
 527     (dolist (word words)
 528       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 529     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 530
 531 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 532   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 533   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 534          (ustrs '()))
 535     (dolist (word words)
 536       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 537     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 538
 539 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 540   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 541   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 542
 543 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 544   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 545   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 546
 547 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 548   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 549   (let ((scored '()))
 550     (dolist (obj objs)
 551       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 552        scored))
 553     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 554
 555 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 556   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 557   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 558          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 559          (n1 (length word-list-1))
 560          (n2 (length word-list-2))
 561          (unmatched n1)
 562          (score 0)
 563          (nlong 0)
 564          (nshort 0)
 565          short-list long-list)
 566     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 567     (if (> n1 n2)
 568         (progn
 569           (setq nlong n1)
 570           (setq nshort n2)
 571           (setq long-list word-list-1)
 572           (setq short-list word-list-2))
 573       (progn
 574         (setq nlong n2)
 575         (setq nshort n1)
 576         (setq long-list word-list-2)
 577         (setq short-list word-list-1)))
 578     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 579     (dotimes (iword nshort)
 580       (declare (fixnum iword))
 581       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 582            (progn
 583              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 584              (decf unmatched))))
 585     (decf score (* 2 unmatched))
 586     score))
 587
 588
 589 ;;; LEX SQL functions
 590
 591 (defun find-lexterm-eui (eui)
 592   (with-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 593     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 594
 595 (defun find-lexterm-word (wrd)
 596   (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 597     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 598                    :wrd (copy-seq wrd))))
 599
 600 ;; LEX SQL Read functions
 601
 602 (defun find-labr-eui (eui)
 603   (with-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 604     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 605                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 606
 607 (defun find-labr-bas (bas)
 608   (with-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 609     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 610                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 611
 612 (defun find-lagr-eui (eui)
 613   (with-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 614     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 615                    :cit cit :bas bas)))
 616
 617 (defun find-lcmp-eui (eui)
 618   (with-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 619     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 620
 621 (defun find-lmod-eui (eui)
 622   (with-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 623     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 624
 625 (defun find-lnom-eui (eui)
 626   (with-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 627     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 628                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 629
 630 (defun find-lprn-eui (eui)
 631   (with-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 632     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 633                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 634
 635 (defun find-lprp-eui (eui)
 636   (with-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 637     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 638
 639 (defun find-lspl-eui (eui)
 640   (with-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 641     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 642
 643 (defun find-ltrm-eui (eui)
 644   (with-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 645     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 646
 647 (defun find-ltyp-eui (eui)
 648   (with-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 649     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 650
 651 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 652   (make-instance 'lwd :wrd
 653                  :euilist (with-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 654                             (ensure-integer eui))))
 655
 656 ;;; Semantic Network SQL access functions
 657
 658 (defun find-sdef-ui (ui)
 659   (with-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 660                             nil ui ui :single t)
 661     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 662                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 663
 664 (defun find-sstre1-ui (ui)
 665   (with-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 666     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 667                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 668
 669 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 670   (with-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 671     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 672                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 673
 674 (defun find-sstr-rl (rl)
 675   (with-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 676     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 677
 678 (defun find-sstre2-sty (sty)
 679   (with-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 680     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 681
 682 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 683   (with-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 684     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))