sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  30                         filter)
  31   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " ""))))
  40          (%%limit (gensym "LIMIT-"))
  41          (%%filter (gensym "FILTER-")))
  42     `(let ((%%limit ,limit)
  43            (%%filter ,filter))
  44        (concatenate
  45         'string
  46         ,%%fields
  47         ,@(when %%where (list %%where))
  48         ,@(when %%where
  49             `((typecase ,where-value
  50                 #+ignore
  51                 (fixnum
  52                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  53                 (number
  54                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  55                 (null
  56                  " is null")
  57                 (t
  58                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  59         (if ##filter (concatenate 'string " AND " ##filter) "")
  60         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  61         ,@(when %%order (list %%order))
  62         (if (or ,single ##limit)
  63             (cond
  64              ((and ,single (> ##limit 1))
  65               (error "Can't set single and limit > 1."))
  66              (,single
  67               " LIMIT 1")
  68              (##limit
  69               (format nil " LIMIT ~D" ##limit))
  70              (t
  71               ""))
  72           "")))))
  73
  74 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  75                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  76   (when single (setq limit 1))
  77   (concatenate
  78    'string
  79    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  80            (if distinct "distinct " "") fields table)
  81    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  82    (if where-name
  83        (format nil
  84                (typecase where-value
  85                  (number "='~D'")
  86                  (null " is null")
  87                  (t
  88                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  89                where-value)
  90        "")
  91    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  92    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  93    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  94    (if limit (format nil " limit ~D" limit) "")))
  95
  96
  97 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  98                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
  99                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 100   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 101 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 102   `(,query-cmd
 103     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 104      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 105      :filter filter :limit ,limit)))
 106
 107 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 108                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 109                      filter limit)
 110   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 111 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 112   `(mutex-sql-query
 113     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 114      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 115      :filter filter :limit ,limit)))
 116
 117 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 118 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 119                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 120                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 121                                     filter limit)
 122                                 &body body)
 123   (let ((value (gensym))
 124         (r (gensym)))
 125     (if single
 126         (if (and limit (> limit 1))
 127             (error "Can't set limit along with single.")
 128           `(let* ((,value ,where-value)
 129                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 130                                             :lrl ,lrl :single ,single
 131                                             :distinct ,distinct :order ,order
 132                                             :like ,like :filter ,filter
 133                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 134              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 135              (when tuple
 136                (destructuring-bind ,fields tuple
 137                  ,@body))))
 138         `(let ((,value ,where-value))
 139            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 140            (let ((,r '()))
 141              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 142                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 143                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 144                                           :limit ,limit))
 145                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 146              (nreverse ,r))
 147            #+ignore
 148            (loop for tuple in
 149                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 150                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 151                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 152                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 153
 154 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 155                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 156                                          order like filter limit)
 157                                   &body body)
 158   (let ((value (gensym))
 159         (r (gensym))
 160         (eval-fields (cadr fields)))
 161     (if single
 162         `(let* ((,value ,where-value)
 163                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 164                                                :lrl ,lrl :single ,single
 165                                                :distinct ,distinct :order ,order
 166                                                :like ,like :filter ,filter
 167                                                :limit ,limit))))
 168           (when tuple
 169             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 170               ,@body)))
 171         `(let ((,value ,where-value)
 172                (,r '()))
 173            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 174                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 175                                              :order ,order :like ,like
 176                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 177              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 178            (nreverse ,r)
 179            #+ignore
 180            (loop for tuple in
 181                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 182                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 183                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 184                                     :limit ,limit)
 185                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 186
 187 ;;;
 188 ;;; Read from SQL database
 189
 190 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 191   `(if (stringp ,cui)
 192     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 193     ,cui))
 194
 195 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 196   `(if (stringp ,lui)
 197     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 198     ,lui))
 199
 200 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 201   `(if (stringp ,sui)
 202     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 203     ,sui))
 204
 205 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 206   `(if (stringp ,tui)
 207     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 208     ,tui))
 209
 210 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 211   `(if (stringp ,eui)
 212     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 213     ,eui))
 214
 215 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 216   "Find ucon for a cui"
 217   (ensure-cui-integer cui)
 218   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 219
 220   (let ((tuple (car (mutex-sql-query
 221                      (format nil
 222                              "SELECT kcuilrl,str FROM MRCONSO WHERE CUI=~D AND KPFENG=1~A"
 223                              cui (if srl (format nil " AND SRL<=~D" srl) ""))))))
 224     (unless tuple
 225       (setq tuple (car (mutex-sql-query
 226                         (format nil
 227                                 "SELECT kcuilrl,str FROM MRCONSO WHERE CUI=~D"
 228                                 cui (if srl (format nil " AND SRL<=~D" srl) nil))))))
 229     (unless tuple
 230       (return-from find-ucon-cui nil))
 231     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr (second tuple)
 232                    :lrl (ensure-integer (first tuple)))))
 233
 234 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 235   "Find ucon for a cui"
 236   (ensure-cui-integer cui)
 237   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 238     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 239                    :pfstr nil)))
 240
 241 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 242   "Find preferred string for a cui"
 243   (ensure-cui-integer cui)
 244   (or
 245    (collect-umlisp-query (mrconso (kpfstr) srl cui cui :distinct t
 246                                   :filter " KPFENG=1" :single t))
 247    (collect-umlisp-query (mrconso (kpfstr) srl cui cui :distinct t
 248                                   :single t))))
 249
 250 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 251   "Find list of ucon for lui"
 252   (ensure-lui-integer lui)
 253   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 254   (or
 255    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 256                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 257       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 258                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 259    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 260                                   :single t)
 261       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 262                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 263
 264 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 265   "Find list of ucon for sui"
 266   (ensure-sui-integer sui)
 267   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 268     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 269                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 270
 271 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 272   "Find list of ucon for aui"
 273   (ensure-sui-integer aui)
 274   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 275     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 276                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 277
 278 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 279   "Find ucon for cui/sui"
 280   (ensure-cui-integer cui)
 281   (ensure-sui-integer sui)
 282   (when (and cui sui)
 283     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 284                               (make-cuisui cui sui))
 285       (make-instance 'ucon :cui cui
 286                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 287                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 288
 289 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 290   "Find ucon that are exact match for str"
 291   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 292     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 293                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 294
 295 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 296   "Return list of all ucon's"
 297   (with-sql-connection (db)
 298     (clsql:map-query
 299      'list
 300      #'(lambda (tuple)
 301          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 302              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 303                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 304                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 305      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 306                    :order (cui asc) :distinct t)
 307      :database db)))
 308
 309 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 310   "Return list of all ucon's"
 311   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 312                             :distinct t)
 313     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 314                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 315                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 316
 317 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 318   "Return list of CUIs for all ucons"
 319   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 320                                :distinct t)
 321                         cui))
 322
 323 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 324   "Map a function over all ucon's"
 325   (with-sql-connection (db)
 326     (clsql:map-query
 327      nil
 328      #'(lambda (tuple)
 329          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 330            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 331                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 332                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 333      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 334                    :distinct t)
 335      :database db)))
 336
 337
 338 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 339   "Return a list of udefs for cui"
 340   (ensure-cui-integer cui)
 341   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 342     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 343
 344 (defun find-udoc-key (key)
 345   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 346   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 347     (make-instance 'udoc :key key :value value :type type :expl expl)))
 348
 349 (defun find-udoc-value (value)
 350   "Return abbreviation documentation"
 351   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 352     (make-instance 'udoc :key dockey :value value :type type :expl expl)))
 353
 354 (defun find-udoc-key-value (key value)
 355   (let ((tuple (car (mutex-sql-query
 356                      (format nil "SELECT TYPE,EXPL FROM MRDOC WHERE DOCKEY='~A' AND VALUE='~A'"
 357                              key value)))))
 358     (when tuple
 359       (make-instance 'udoc :key key :value value :type (first tuple) :expl (second tuple)))))
 360
 361 (defun find-udoc-all ()
 362   "Return all abbreviation documentation"
 363   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 364     (make-instance 'udoc :key dockey :value value :type type :expl expl)))
 365
 366 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 367   "Return a list of usty for cui"
 368   (ensure-cui-integer cui)
 369   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 370     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 371
 372 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 373   "Return a list of usty that match word"
 374   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 375                             :distinct t)
 376     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 377
 378 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 379   "Return a list of urel for cui"
 380   (ensure-cui-integer cui)
 381   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 382                                srl cui1 cui :lrl "KSRL")
 383     (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 384                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 385                    :rui rui :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 386                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 387
 388 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 389   "Return a list of urel for cui"
 390   (ensure-cui-integer cui)
 391   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 392                                cui :lrl "KSRL")
 393                         cui2))
 394
 395 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 396   "Return a list of urel for cui2"
 397   (ensure-cui-integer cui2)
 398   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 399                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 400     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2 :rui rui :srui srui
 401                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1) :aui1 (ensure-integer aui1)
 402                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 403                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 404
 405 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 406   (ensure-cui-integer cui2)
 407   (loop for cui in (remove-duplicates
 408                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 409         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 410
 411 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 412   "Return a list of ucoc for cui"
 413   (ensure-cui-integer cui)
 414   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 415                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 416     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 417     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 418     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 419                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 420                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 421                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 422
 423 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 424   "Return a list of ucoc for cui2"
 425   (ensure-cui-integer cui2)
 426   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 427                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 428     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 429     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 430                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 431                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 432                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 433
 434 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 435   "List of ucon with co-occurance cui2"
 436   (ensure-cui-integer cui2)
 437   (mapcar
 438    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 439    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 440
 441
 442 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 443   "Return a list of uterm for cui"
 444   (ensure-cui-integer cui)
 445   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 446                             :lrl kluilrl :distinct t)
 447     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 448                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 449
 450 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 451   "Return a list of uterm for lui"
 452   (ensure-lui-integer lui)
 453   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 454                              :lrl kluilrl :distinct t)
 455     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 456                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 457
 458 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 459   "Return single uterm for cui/lui"
 460   (ensure-cui-integer cui)
 461   (ensure-lui-integer lui)
 462   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 463                              (make-cuilui cui lui)
 464                              :lrl kluilrl :single t)
 465     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 466                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 467
 468 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 469   "Return a list of ustr for cui/lui"
 470   (ensure-cui-integer cui)
 471   (ensure-lui-integer lui)
 472   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 473                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 474                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 475                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 476                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 477
 478 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 479   "Return the single ustr for cuisui"
 480   (ensure-cui-integer cui)
 481   (ensure-sui-integer sui)
 482   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 483                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 484     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 485                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 486                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 487
 488 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 489   "Return the list of ustr for sui"
 490   (ensure-sui-integer sui)
 491   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 492                             :lrl ksuilrl)
 493     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 494                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 495                    :suppress suppress
 496                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 497
 498 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 499   "Return the list of ustr for sab"
 500   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 501     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 502       (apply #'find-ustr-cuisui
 503              (append
 504               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 505               (list :srl srl))))))
 506
 507 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 508   "Return list of all ustr's"
 509     (with-sql-connection (db)
 510       (clsql:map-query
 511        'list
 512        #'(lambda (tuple)
 513            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 514              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 515                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 516                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 517                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 518                                                  (ensure-integer sui))
 519                             :suppress suppress
 520                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 521        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 522                      :distinct t
 523                      :order (sui asc))
 524        :database db)))
 525
 526 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 527   "Return the string associated with sui"
 528   (ensure-sui-integer sui)
 529   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 530     str))
 531
 532 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 533   (ensure-sui-integer sui)
 534   (ensure-cui-integer cui)
 535   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str) srl kcuisui
 536                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 537     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 538                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 539                    :lat lat :str str)))
 540
 541 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 542   (ensure-cui-integer cui)
 543   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str)
 544                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 545                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 546      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 547                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 548                     :lat lat :str str)))
 549
 550 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 551   (ensure-sui-integer aui)
 552   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat str) srl aui
 553                                  aui :lrl srl :single t)
 554     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 555                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 556                    :lat lat :str str)))
 557
 558 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 559   (ensure-cui-integer cui)
 560   (ensure-sui-integer sui)
 561   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab rank code cxn cxl cxs cui2 hcd rela xc)
 562                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 563                         (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 564                 :rank rank
 565                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 566                    :rela rela :xc xc
 567                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 568
 569 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 570   (ensure-cui-integer cui)
 571   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 572                             srl cui cui :lrl ksrl)
 573     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 574                    :cxn (ensure-integer cxn)
 575                    :paui (ensure-integer paui)
 576                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 577
 578 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 579   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 580                             srl nil nil :lrl ksrl)
 581     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 582                    :cxn (ensure-integer cxn)
 583                    :paui (ensure-integer paui)
 584                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 585
 586 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 587   (ensure-cui-integer cui)
 588   (ensure-lui-integer lui)
 589   (ensure-sui-integer sui)
 590   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 591     (cond
 592       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 593                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 594                           "'"))
 595       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 596                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 597                           "' and sui='0'"))
 598       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 599                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 600     (when srl
 601       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 602     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 603           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 604             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 605
 606 (defun find-usty-tui (tui)
 607   "Find usty for tui"
 608   (ensure-tui-integer tui)
 609   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 610     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 611
 612 (defun find-usty-sty (sty)
 613   "Find usty for a sty"
 614   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 615     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 616
 617 (defun find-usty-all ()
 618   "Return list of usty's for all semantic types"
 619   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 620     (find-usty-tui tui)))
 621
 622 (defun find-usab-all ()
 623   "Find usab for a key"
 624   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 625                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 626                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 627     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 628                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 629                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 630                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 631                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 632                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 633                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 634
 635 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 636   "Find usab for a key"
 637   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 638                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 639                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 640                                        ssn scit)
 641                                      nil key-name key :single t)
 642      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 643                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 644                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 645                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 646                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 647                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 648                     :curver curver :sabin sabin
 649                     :ssn ssn :scit scit)))
 650
 651 (defun find-usab-rsab (rsab)
 652   "Find usab for rsab"
 653   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 654
 655 (defun find-usab-vsab (vsab)
 656   "Find usab for vsab"
 657   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 658
 659 (defun find-cui-max ()
 660   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 661
 662 (defun find-umap-cui (cui)
 663   (ensure-cui-integer cui)
 664   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 665                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 666                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 667                                           mapatn mapatv cvf)
 668                                nil mapsetcui cui)
 669     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 670                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 671                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 672                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 673                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 674                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 675
 676 ;;;; Cross table find functions
 677
 678 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 679   "Find list of ucon for tui"
 680   (ensure-tui-integer tui)
 681   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 682     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 683
 684 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 685   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 686   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 687                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 688     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 689
 690 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 691   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 692   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 693                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 694     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 695
 696 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 697   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 698   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 699                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 700                              cui))
 701
 702 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 703   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 704   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 705                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 706                              lui))
 707
 708 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 709   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 710   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 711                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 712                              sui))
 713
 714 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 715   "Return list of ustrs that match word"
 716   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 717                                :order (cui asc sui asc))
 718     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 719
 720 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 721   "Return list of ustrs that match word"
 722   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 723                                  :order (cui asc sui asc))
 724     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 725
 726 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 727   "Return list of uterms that match word"
 728   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 729                                :order (cui asc lui asc))
 730     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 731
 732 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 733   "Return list of uterms that match word"
 734   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 735                                  :order (cui asc lui asc))
 736     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 737
 738 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 739   "Return list of ucons that match non-english word"
 740   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 741                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 742     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 743
 744 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 745   "Return list of ustrs that match non-english word"
 746   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 747                                   :order (cui asc sui asc))
 748     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 749
 750 ;; Special tables
 751
 752 (defun find-usrl-all ()
 753   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 754     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 755
 756 ;;; Multiword lookup and score functions
 757
 758 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 759                             only-exact-if-match limit)
 760   (let ((uobjs '()))
 761     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 762       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 763     (let ((sorted
 764            (funcall sort-fun str
 765                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 766       (let ((len (length sorted)))
 767         (cond
 768          ((zerop len)
 769           (return-from find-uobj-multiword nil))
 770          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 771           (first sorted))
 772          (limit
 773           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 774               (subseq sorted 0 limit)
 775             limit))
 776          (t
 777           sorted))))))
 778
 779 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 780                                      (only-exact-if-match t)
 781                                      limit)
 782   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 783                        #'cui srl only-exact-if-match limit))
 784
 785 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 786                                       (only-exact-if-match t)
 787                                       limit)
 788   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 789                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 790
 791 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 792                                      (only-exact-if-match t)
 793                                      limit)
 794   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 795                        #'sui srl only-exact-if-match limit))
 796
 797 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 798   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 799   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 800
 801 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 802   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 803   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 804
 805 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 806   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 807   (let ((scored '()))
 808     (dolist (obj objs)
 809       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 810        scored))
 811     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 812
 813
 814 ;;; LEX SQL functions
 815
 816 (defun find-lexterm-eui (eui)
 817   (ensure-eui-integer eui)
 818   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 819     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 820
 821 (defun find-lexterm-word (wrd)
 822   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 823     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 824                    :wrd (copy-seq wrd))))
 825
 826 ;; LEX SQL Read functions
 827
 828 (defun find-labr-eui (eui)
 829   (ensure-eui-integer eui)
 830   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 831     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 832                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 833
 834 (defun find-labr-bas (bas)
 835   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 836     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 837                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 838
 839 (defun find-lagr-eui (eui)
 840   (ensure-eui-integer eui)
 841   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 842     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 843                    :cit cit :bas bas)))
 844
 845 (defun find-lcmp-eui (eui)
 846   (ensure-eui-integer eui)
 847   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 848     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 849
 850 (defun find-lmod-eui (eui)
 851   (ensure-eui-integer eui)
 852   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 853     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 854
 855 (defun find-lnom-eui (eui)
 856   (ensure-eui-integer eui)
 857   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 858     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 859                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 860
 861 (defun find-lprn-eui (eui)
 862   (ensure-eui-integer eui)
 863   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 864     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 865                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 866
 867 (defun find-lprp-eui (eui)
 868   (ensure-eui-integer eui)
 869   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 870     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 871
 872 (defun find-lspl-eui (eui)
 873   (ensure-eui-integer eui)
 874   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 875     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 876
 877 (defun find-ltrm-eui (eui)
 878   (ensure-eui-integer eui)
 879   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 880     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 881
 882 (defun find-ltyp-eui (eui)
 883   (ensure-eui-integer eui)
 884   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 885     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 886
 887 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 888   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 889                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 890                                                 (ensure-integer eui))))
 891
 892 ;;; Semantic Network SQL access functions
 893
 894 (defun find-sdef-ui (ui)
 895   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 896                             nil ui ui :single t)
 897     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 898                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 899
 900 (defun find-sstre1-ui (ui)
 901   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 902     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 903                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 904
 905 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 906   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 907     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 908                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 909
 910 (defun find-sstr-rl (rl)
 911   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 912     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 913
 914 (defun find-sstre2-sty (sty)
 915   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 916     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 917
 918 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 919   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 920     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 921
 922
 923 ;;; **************************
 924 ;;; Local Classes
 925 ;;; **************************
 926
 927
 928 (defun make-ustats ()
 929   (with-sql-connection (conn)
 930     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
 931     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 932
 933     (dotimes (srl 5)
 934       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 935       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 936       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 937       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
 938       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
 939       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
 940       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
 941       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
 942       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 943       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 944       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 945       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 946       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 947       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 948       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
 949       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 950       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 951       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
 952     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 953   (find-ustats-all))
 954
 955 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 956   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 957
 958 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 959   (cond
 960    ((stringp srl-control)
 961     (ensure-integer
 962      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 963                               count-variable table srl-control srl)
 964                       conn))))
 965    ((null srl-control)
 966     (ensure-integer
 967      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 968                               count-variable table )
 969                       conn))))
 970    (t
 971     (error "Unknown srl-control")
 972     0)))
 973
 974 (defun insert-ustats (conn name count srl)
 975   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
 976                        name count (if srl srl 3))
 977                conn))
 978
 979 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
 980   (if srl
 981       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
 982                                     :order (name asc))
 983                             (make-instance 'ustats :name name
 984                                            :hits (ensure-integer count)
 985                                            :srl (ensure-integer srl)))
 986     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
 987                                   :order (name asc))
 988                           (make-instance 'ustats :name name
 989                                          :hits (ensure-integer count)
 990                                          :srl (ensure-integer srl)))))
 991
 992 (defun find-ustats-srl (srl)
 993   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
 994                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
 995
 996
 997
 998 (defun find-bsab-sab (sab)
 999  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
1000      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
1001
1002 (defun find-bsab-all ()
1003  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
1004      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
1005
1006 (defun find-btty-tty (tty)
1007  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
1008      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
1009
1010 (defun find-btty-all ()
1011  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
1012   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
1013
1014 (defun find-brel-rel (rel)
1015   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
1016     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
1017                     :hits (ensure-integer count))))