sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2003 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  30   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  31                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  32          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  33                                     order)
  34                       ""))
  35          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  36          (%%where (when where-name
  37                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  38                           (if like " like " "")))))
  39     `(concatenate
  40       'string
  41       ,%%fields
  42       ,@(when %%where (list %%where))
  43       ,@(when %%where
  44           `((typecase ,where-value
  45               #+ignore
  46               (fixnum
  47                (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  48               (number
  49                (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  50               (null
  51                " is null")
  52               (t
  53                (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  54       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  55       ,@(when %%order (list %%order))
  56       ,@(when single (list " limit 1")))))
  57
  58 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  59                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  60   (concatenate
  61    'string
  62    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  63            (if distinct "distinct " "") fields table)
  64    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  65    (if where-name
  66        (format nil
  67                (typecase where-value
  68                  (number "='~D'")
  69                  (null " is null")
  70                  (t
  71                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  72                where-value)
  73        "")
  74    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  75    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  76    (if single " limit 1" "")))
  77
  78
  79 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  80                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
  81                         (query-cmd 'mutex-sql-query))
  82   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  83 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  84   `(,query-cmd
  85     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  86      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  87
  88 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  89                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  90   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  91 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  92   `(mutex-sql-query
  93     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  94      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  95
  96 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  97 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  98                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  99                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query))
 100                                 &body body)
 101   (let ((value (gensym))
 102         (r (gensym)))
 103     (if single
 104         `(let* ((,value ,where-value)
 105                 (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 106                                           :lrl ,lrl :single ,single
 107                                           :distinct ,distinct :order ,order
 108                                           :like ,like
 109                                           :query-cmd ,query-cmd))))
 110           ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 111           (when tuple
 112                 (destructuring-bind ,fields tuple
 113                   ,@body)))
 114         `(let ((,value ,where-value))
 115            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 116            (let ((,r '()))
 117              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 118                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 119                                           :order ,order :like ,like))
 120                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 121              (nreverse ,r))
 122            #+ignore
 123            (loop for tuple in
 124                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 125                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 126                                :order ,order :like ,like)
 127                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 128
 129 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 130                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 131                                          order like)
 132                                   &body body)
 133   (let ((value (gensym))
 134         (r (gensym))
 135         (eval-fields (cadr fields)))
 136     (if single
 137         `(let* ((,value ,where-value)
 138                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 139                                                :lrl ,lrl :single ,single
 140                                                :distinct ,distinct :order ,order
 141                                                :like ,like))))
 142           (when tuple
 143             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 144               ,@body)))
 145         `(let ((,value ,where-value)
 146                (,r '()))
 147            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 148                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 149                                              :order ,order :like ,like))
 150              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 151            (nreverse ,r)
 152            #+ignore
 153            (loop for tuple in
 154                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 155                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 156                                     :order ,order :like ,like)
 157                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 158
 159 ;;;
 160 ;;; Read from SQL database
 161
 162 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 163   `(if (stringp ,cui)
 164     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 165     ,cui))
 166
 167 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 168   `(if (stringp ,lui)
 169     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 170     ,lui))
 171
 172 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 173   `(if (stringp ,sui)
 174     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 175     ,sui))
 176
 177 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 178   `(if (stringp ,tui)
 179     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 180     ,tui))
 181
 182 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 183   `(if (stringp ,eui)
 184     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 185     ,eui))
 186
 187 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 188   "Find ucon for a cui"
 189   (ensure-cui-integer cui)
 190   (collect-umlisp-query (mrconso (kpfstr kcuilrl) srl cui cui :single t)
 191     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 192                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 193
 194 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 195   "Find ucon for a cui"
 196   (ensure-cui-integer cui)
 197   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 198     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 199                    :pfstr nil)))
 200
 201 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 202   "Find preferred string for a cui"
 203   (ensure-cui-integer cui)
 204   (collect-umlisp-query (mrconso (kpfstr) srl cui cui :single t)
 205     kpfstr))
 206
 207
 208 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 209   "Find list of ucon for lui"
 210   (ensure-lui-integer lui)
 211   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kpfstr kcuilrl) srl lui lui
 212                             :distinct t)
 213     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 214                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 215
 216 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 217   "Find list of ucon for sui"
 218   (ensure-sui-integer sui)
 219   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kpfstr kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 220     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 221                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 222
 223 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 224   "Find ucon for cui/sui"
 225   (ensure-cui-integer cui)
 226   (ensure-sui-integer sui)
 227   (when (and cui sui)
 228     (collect-umlisp-query (mrconso (kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 229                               (make-cuisui cui sui))
 230       (make-instance 'ucon :cui cui
 231                      :pfstr kpfstr
 232                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 233
 234 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 235   "Find ucon that are exact match for str"
 236   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 237     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 238                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 239
 240 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 241   "Return list of all ucon's"
 242   (with-sql-connection (db)
 243     (clsql:map-query
 244      'list
 245      #'(lambda (tuple)
 246          (destructuring-bind (cui pfstr cuilrl) tuple
 247              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 248                             :pfstr pfstr
 249                         :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 250      (query-string mrconso (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 251                    :order (cui asc) :distinct t)
 252      :database db)))
 253
 254 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 255   "Return list of all ucon's"
 256   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 257                             :distinct t)
 258     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 259                    :pfstr kpfstr
 260                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 261
 262 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 263   "Return list of CUIs for all ucons"
 264   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 265                                :distinct t)
 266                         cui))
 267
 268 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 269   "Map a function over all ucon's"
 270   (with-sql-connection (db)
 271     (clsql:map-query
 272      nil
 273      #'(lambda (tuple)
 274          (destructuring-bind (cui pfstr cuilrl) tuple
 275            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 276                                       :pfstr pfstr
 277                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 278      (query-string mrconso (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 279                    :distinct t)
 280      :database db)))
 281
 282
 283 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 284   "Return a list of udefs for cui"
 285   (ensure-cui-integer cui)
 286   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui cui :lrl "KSRL")
 287     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 288
 289 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 290   "Return a list of usty for cui"
 291   (ensure-cui-integer cui)
 292   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 293     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 294
 295 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 296   "Return a list of usty that match word"
 297   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 298                             :distinct t)
 299     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 300
 301 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 302   "Return a list of urel for cui"
 303   (ensure-cui-integer cui)
 304   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1
 305                             cui :lrl "KSRL")
 306     (make-instance 'urel :cui1 cui :rel rel
 307                    :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela :sab sab :sl sl
 308                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 309
 310 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 311   "Return a list of urel for cui"
 312   (ensure-cui-integer cui)
 313   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 314                                cui :lrl "KSRL")
 315                         cui2))
 316
 317 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 318   "Return a list of urel for cui2"
 319   (ensure-cui-integer cui2)
 320   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2
 321                             cui2 :lrl "KSRL")
 322     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel
 323                    :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela :sab sab :sl sl
 324                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 325
 326 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 327   (ensure-cui-integer cui2)
 328   (loop for cui in (remove-duplicates
 329                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 330         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 331
 332 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 333   "Return a list of ucoc for cui"
 334   (ensure-cui-integer cui)
 335   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1
 336                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 337     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 338     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 339     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :cui2 (ensure-integer cui2)
 340                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 341                    :pfstr2 kpfstr2)))
 342
 343 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 344   "Return a list of ucoc for cui2"
 345   (ensure-cui-integer cui2)
 346   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2
 347                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 348     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 349     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 350                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 351                    :pfstr2 kpfstr2)))
 352
 353 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 354   "List of ucon with co-occurance cui2"
 355   (ensure-cui-integer cui2)
 356   (mapcar
 357    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 358    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 359
 360 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 361   "Return a list of ulo for cui"
 362   (ensure-cui-integer cui)
 363   (collect-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui cui
 364                            :lrl "KLRL")
 365     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un
 366                    :sui (ensure-integer sui) :sna sna :soui soui)))
 367
 368
 369 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 370   "Return a list of uterm for cui"
 371   (ensure-cui-integer cui)
 372   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 373                             :lrl kluilrl :distinct t)
 374     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 375                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 376
 377 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 378   "Return a list of uterm for lui"
 379   (ensure-lui-integer lui)
 380   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 381                              :lrl kluilrl :distinct t)
 382     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 383                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 384
 385 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 386   "Return single uterm for cui/lui"
 387   (ensure-cui-integer cui)
 388   (ensure-lui-integer lui)
 389   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 390                              (make-cuilui cui lui)
 391                              :lrl kluilrl :single t)
 392     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 393                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 394
 395 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 396   "Return a list of ustr for cui/lui"
 397   (ensure-cui-integer cui)
 398   (ensure-lui-integer lui)
 399   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str ksuilrl) srl kcuilui
 400                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 401                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 402                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 403                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 404
 405 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 406   "Return the single ustr for cuisui"
 407   (ensure-cui-integer cui)
 408   (ensure-sui-integer sui)
 409   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str ksuilrl) srl kcuisui
 410                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 411     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 412                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str
 413                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 414
 415 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 416   "Return the list of ustr for sui"
 417   (ensure-sui-integer sui)
 418   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str ksuilrl) srl sui sui
 419                             :lrl ksuilrl)
 420     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 421                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 422                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 423
 424 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 425   "Return the list of ustr for sab"
 426   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 427     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 428       (apply #'find-ustr-cuisui
 429              (append
 430               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 431               (list :srl srl))))))
 432
 433 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 434   "Return list of all ustr's"
 435     (with-sql-connection (db)
 436       (clsql:map-query
 437        'list
 438        #'(lambda (tuple)
 439            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl pfstr) tuple
 440              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 441                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 442                             :stt stt :str pfstr
 443                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 444                                                  (ensure-integer sui))
 445                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 446        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl kpfstr) srl nil nil :lrl ksuilrl
 447                      :distinct t
 448                      :order (sui asc))
 449        :database db)))
 450
 451 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 452   "Return the string associated with sui"
 453   (ensure-sui-integer sui)
 454   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 455     str))
 456
 457 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 458   (ensure-sui-integer sui)
 459   (ensure-cui-integer cui)
 460   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui) srl kcuisui
 461                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 462     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 463                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui)))
 464
 465 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 466   (ensure-sui-integer aui)
 467   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui) srl aui
 468                                  aui :lrl srl :single t)
 469     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 470                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui)))
 471
 472 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 473   (ensure-cui-integer cui)
 474   (ensure-sui-integer sui)
 475   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc)
 476                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 477     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 478                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 479                    :rela rela :xc xc :rnk (ensure-integer rnk)
 480                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 481
 482 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 483   (ensure-cui-integer cui)
 484   (ensure-lui-integer lui)
 485   (ensure-sui-integer sui)
 486   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 487     (cond
 488       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 489                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 490                           "'"))
 491       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 492                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 493                           "' and sui='0'"))
 494       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 495                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 496     (when srl
 497       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 498     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 499           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 500             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 501
 502 (defun find-usty-tui (tui)
 503   "Find usty for tui"
 504   (ensure-tui-integer tui)
 505   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 506     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 507
 508 (defun find-usty-sty (sty)
 509   "Find usty for a sty"
 510   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 511     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 512
 513 (defun find-usty-all ()
 514   "Return list of usty's for all semantic types"
 515   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 516     (find-usty-tui tui)))
 517
 518 (defun find-usab-all ()
 519   "Find usab for a key"
 520   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 521                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 522                                   cenc curver sabin) nil nil nil)
 523     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 524                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 525                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 526                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 527                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 528                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 529                    :curver curver :sabin sabin)))
 530
 531 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 532   "Find usab for a key"
 533   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 534                                     vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 535                                     ttyl atnl lat cenc curver sabin)
 536                                   nil key-name key :single t)
 537     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 538                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 539                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 540                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 541                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 542                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 543                    :curver curver :sabin sabin)))
 544
 545 (defun find-usab-rsab (rsab)
 546   "Find usab for rsab"
 547   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 548
 549 (defun find-usab-vsab (vsab)
 550   "Find usab for vsab"
 551   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 552
 553 (defun find-cui-max ()
 554   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 555
 556 ;;;; Cross table find functions
 557
 558 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 559   "Find list of ucon for tui"
 560   (ensure-tui-integer tui)
 561   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 562     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 563
 564 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 565   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 566   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 567                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 568     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 569
 570 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 571   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 572   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 573                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 574     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 575
 576 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 577   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 578   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 579                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 580                              cui))
 581
 582 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 583   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 584   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 585                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 586                              lui))
 587
 588 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 589   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 590   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 591                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 592                              sui))
 593
 594 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 595   "Return list of ustrs that match word"
 596   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 597                                :order (cui asc sui asc))
 598     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 599
 600 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 601   "Return list of ustrs that match word"
 602   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 603                                  :order (cui asc sui asc))
 604     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 605
 606 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 607   "Return list of uterms that match word"
 608   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 609                                :order (cui asc lui asc))
 610     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 611
 612 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 613   "Return list of uterms that match word"
 614   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 615                                  :order (cui asc lui asc))
 616     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 617
 618 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 619   "Return list of ucons that match non-english word"
 620   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 621                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 622     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 623
 624 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 625   "Return list of ustrs that match non-english word"
 626   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 627                                   :order (cui asc sui asc))
 628     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 629
 630 ;; Special tables
 631
 632 (defun find-usrl-all ()
 633   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 634     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 635
 636 ;;; Multiword lookup and score functions
 637
 638 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 639                             only-exact-if-match)
 640   (let ((uobjs '()))
 641     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 642       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 643     (let ((sorted
 644            (funcall sort-fun str
 645                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 646       (if (and (plusp (length sorted))
 647                only-exact-if-match
 648                (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 649           (first sorted)
 650         sorted))))
 651
 652 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 653                                      (only-exact-if-match t))
 654   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 655                        #'cui srl only-exact-if-match))
 656
 657 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 658                                       (only-exact-if-match t))
 659   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 660                        #'lui srl only-exact-if-match))
 661
 662 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 663                                      (only-exact-if-match t))
 664   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 665                        #'sui srl only-exact-if-match))
 666
 667 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 668   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 669   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 670
 671 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 672   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 673   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 674
 675 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 676   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 677   (let ((scored '()))
 678     (dolist (obj objs)
 679       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 680        scored))
 681     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 682
 683
 684 ;;; LEX SQL functions
 685
 686 (defun find-lexterm-eui (eui)
 687   (ensure-eui-integer eui)
 688   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 689     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 690
 691 (defun find-lexterm-word (wrd)
 692   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 693     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 694                    :wrd (copy-seq wrd))))
 695
 696 ;; LEX SQL Read functions
 697
 698 (defun find-labr-eui (eui)
 699   (ensure-eui-integer eui)
 700   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 701     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 702                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 703
 704 (defun find-labr-bas (bas)
 705   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 706     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 707                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 708
 709 (defun find-lagr-eui (eui)
 710   (ensure-eui-integer eui)
 711   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 712     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 713                    :cit cit :bas bas)))
 714
 715 (defun find-lcmp-eui (eui)
 716   (ensure-eui-integer eui)
 717   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 718     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 719
 720 (defun find-lmod-eui (eui)
 721   (ensure-eui-integer eui)
 722   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 723     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 724
 725 (defun find-lnom-eui (eui)
 726   (ensure-eui-integer eui)
 727   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 728     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 729                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 730
 731 (defun find-lprn-eui (eui)
 732   (ensure-eui-integer eui)
 733   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 734     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 735                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 736
 737 (defun find-lprp-eui (eui)
 738   (ensure-eui-integer eui)
 739   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 740     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 741
 742 (defun find-lspl-eui (eui)
 743   (ensure-eui-integer eui)
 744   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 745     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 746
 747 (defun find-ltrm-eui (eui)
 748   (ensure-eui-integer eui)
 749   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 750     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 751
 752 (defun find-ltyp-eui (eui)
 753   (ensure-eui-integer eui)
 754   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 755     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 756
 757 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 758   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 759                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 760                                                 (ensure-integer eui))))
 761
 762 ;;; Semantic Network SQL access functions
 763
 764 (defun find-sdef-ui (ui)
 765   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 766                             nil ui ui :single t)
 767     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 768                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 769
 770 (defun find-sstre1-ui (ui)
 771   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 772     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 773                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 774
 775 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 776   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 777     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 778                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 779
 780 (defun find-sstr-rl (rl)
 781   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 782     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 783
 784 (defun find-sstre2-sty (sty)
 785   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 786     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 787
 788 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 789   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 790     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 791
 792
 793 ;;; **************************
 794 ;;; Local Classes
 795 ;;; **************************
 796
 797
 798 (defun make-ustats ()
 799   (with-sql-connection (conn)
 800     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
 801     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 802
 803     (dotimes (srl 4)
 804       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 805       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 806       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 807       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
 808       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
 809       (insert-ustats-count conn "Context Count" "MRCXT" "*" "KSRL" srl)
 810       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 811       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 812       #+ignore
 813       (insert-ustats-count conn "Locator Count" "MRLO" "*" "KLRL" srl)
 814       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 815       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 816       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 817       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 818       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
 819       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 820       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 821       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
 822     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 823   (find-ustats-all))
 824
 825 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 826   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 827
 828 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 829   (cond
 830    ((stringp srl-control)
 831     (ensure-integer
 832      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 833                               count-variable table srl-control srl)
 834                       conn))))
 835    ((null srl-control)
 836     (ensure-integer
 837      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 838                               count-variable table )
 839                       conn))))
 840    (t
 841     (error "Unknown srl-control")
 842     0)))
 843
 844 (defun insert-ustats (conn name count srl)
 845   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
 846                        name count (if srl srl 3))
 847                conn))
 848
 849 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
 850   (if srl
 851       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
 852                                     :order (name asc))
 853                             (make-instance 'ustats :name name
 854                                            :hits (ensure-integer count)
 855                                            :srl (ensure-integer srl)))
 856     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
 857                                   :order (name asc))
 858                           (make-instance 'ustats :name name
 859                                          :hits (ensure-integer count)
 860                                          :srl (ensure-integer srl)))))
 861
 862 (defun find-ustats-srl (srl)
 863   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
 864                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
 865
 866
 867
 868 (defun find-bsab-sab (sab)
 869  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
 870      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 871
 872 (defun find-bsab-all ()
 873  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
 874      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 875
 876 (defun find-btty-tty (tty)
 877  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
 878      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 879
 880 (defun find-btty-all ()
 881  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
 882   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 883
 884 (defun find-brel-rel (rel)
 885   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
 886     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
 887                     :hits (ensure-integer count))))