sql.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Low-level SQL routines data for UMLisp
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  11 ;;;;    Copyright (c) 2000-2012 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  12 ;;;;
  13 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  14 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  15 ;;;; *************************************************************************
  16
  17 (in-package #:umlisp)
  18
  19 (defparameter +umls-sql-map+
  20     '((:2004aa . "KUMLS2004AA")
  21       (:2006ac . "KUMLS2006AC")
  22       (:2006ad . "MTS2006AD")
  23       (:2009ab . "MTS2009AB")
  24       (:2010aa . "MTS2010AA")
  25       (:2012ab . "MTS2012AB")
  26       (:2014ab . "MTS2014AB")
  27       (:2017aa . "KUMLS2017AA")))
  28 (defvar +default-umls-db+ "KUMLS2017AA")
  29
  30 (defun lookup-db-name (db)
  31   (cdr (assoc (ensure-keyword db) +umls-sql-map+)))
  32
  33 (defvar *umls-sql-db* +default-umls-db+)
  34 (defun umls-sql-db ()
  35   *umls-sql-db*)
  36
  37 (defun set-umls-sql-db (db)
  38   (etypecase db
  39     (string
  40      (setq *umls-sql-db* db))
  41     (keyword
  42      (setq *umls-sql-db* (lookup-db-name db)))))
  43
  44 (defvar *umls-sql-user* "umls")
  45 (defun umls-sql-user ()
  46   *umls-sql-user*)
  47 (defun set-umls-sql-user (u)
  48   (sql-disconnect-pooled)
  49   (setq *umls-sql-user* u))
  50
  51 (defvar *umls-sql-passwd* "umls")
  52 (defun umls-sql-passwd ()
  53   *umls-sql-passwd*)
  54 (defun set-umls-sql-passwd (p)
  55   (sql-disconnect-pooled)
  56   (setq *umls-sql-passwd* p))
  57
  58 (defvar *umls-sql-host* "localhost")
  59 (defun umls-sql-host ()
  60   *umls-sql-host*)
  61 (defun set-umls-sql-host (h)
  62   (sql-disconnect-pooled)
  63   (setq *umls-sql-host* h))
  64
  65 (defvar *umls-sql-type* :mysql)
  66 (defun umls-sql-type ()
  67   *umls-sql-type*)
  68 (defun set-umls-sql-type (h)
  69   (sql-disconnect-pooled)
  70   (setq *umls-sql-type* h))
  71
  72 (defun umls-connection-spec ()
  73   (if (eql *umls-sql-type* :mysql)
  74       (list *umls-sql-host* *umls-sql-db*
  75             *umls-sql-user* *umls-sql-passwd*
  76             nil '((:local-infile . 1))
  77             )
  78     (list *umls-sql-host* *umls-sql-db*
  79           *umls-sql-user* *umls-sql-passwd*)))
  80
  81 (defun sql-connect ()
  82   "Connect to UMLS database, automatically used pooled connections"
  83   (let ((db (clsql:connect (umls-connection-spec)
  84                            :database-type *umls-sql-type*
  85                            :encoding :utf-8
  86                            :pool t)))
  87     db))
  88
  89 (defun sql-disconnect (conn)
  90   "Disconnect from UMLS database, but put connection back into pool"
  91   (clsql:disconnect :database conn))
  92
  93 (defun sql-disconnect-pooled ()
  94   (clsql:disconnect-pooled))
  95
  96 (defmacro with-sql-connection ((conn) &body body)
  97   `(let ((,conn (sql-connect)))
  98      (unwind-protect
  99          (progn ,@body)
 100        (when ,conn (clsql:disconnect :database ,conn)))))
 101
 102 (defun sql-query (cmd conn &key (result-types :auto))
 103   (clsql:query cmd :database conn :result-types result-types :field-names nil))
 104
 105 (defun sql-execute (cmd conn)
 106   (clsql:execute-command cmd :database conn))
 107
 108 (defun sql (stmt conn)
 109   (if (string-equal "SELECT" (subseq stmt 0 6))
 110       (sql-query stmt conn)
 111     (sql-execute stmt conn)))
 112
 113 (defun umls-sql (stmt)
 114   (check-type stmt string)
 115   (with-sql-connection (conn)
 116     (sql stmt conn)))
 117
 118 ;;; Pool of open connections
 119
 120 (defmacro with-mutex-sql ((conn) &body body)
 121   `(let ((,conn (sql-connect)))
 122      (unwind-protect
 123          (progn ,@body)
 124        (when ,conn (sql-disconnect ,conn)))))
 125
 126 (defun mutex-sql-execute (cmd)
 127   (with-mutex-sql (conn)
 128     (sql-execute cmd conn)))
 129
 130 (defun mutex-sql-query (cmd &key (result-types :auto))
 131   (with-mutex-sql (conn)
 132     (sql-query cmd conn :result-types result-types)))