sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:        Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: sql-classes.lisp,v 1.18 2003/05/02 21:49:19 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 (defvar *current-srl* nil)
  24 (defun current-srl ()
  25   *current-srl*)
  26 (defun current-srl! (srl)
  27   (setq *current-srl* srl))
  28
  29
  30 (defmacro with-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  31                                     &key (lrlname "KCUILRL") distinct single
  32                                     terminal like)
  33                              &body body)
  34   (let ((query (gensym)))
  35     `(unless (and ,where-name (not ,where-value))
  36       (let ((,query (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  37                                   :lrlname ,lrlname :single ,single :distinct ,distinct
  38                                   :terminal ,terminal :like ,like)))
  39         (if ,single
  40             (let ((tuple (car ,query)))
  41               (when tuple
  42                 (destructuring-bind ,fields tuple
  43                   ,@body)))
  44             (loop
  45              for tuple in ,query collect
  46              (destructuring-bind ,fields tuple
  47                ,@body)))))))
  48
  49 (defun umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  50                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct terminal like)
  51   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  52 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  53   (when (or (not where-name) where-value)
  54     (mutex-sql-query
  55      (query-string table fields srl where-name where-value
  56                    :lrlname lrlname :single single :distinct distinct :terminal terminal :like like))))
  57
  58
  59 (defun query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  60                      &key (lrlname "KCUILRL") single distinct terminal like)
  61   (let ((qs (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62                     (if distinct "distinct " "")
  63                     fields table)))
  64     (when where-name
  65       (setq qs (concatenate 'string qs
  66                             (format nil
  67                                     (if (stringp where-value)
  68                                         (if like
  69                                             " where ~A like '%~A%'"
  70                                           " where ~A='~A'")
  71                                       " where ~A=~A")
  72                                     where-name  where-value))))
  73     (when srl
  74       (setq qs (concatenate 'string qs (format nil " and ~:@(~A~) <= ~D"
  75                                                lrlname srl))))
  76     (when terminal
  77       (setq qs (concatenate 'string qs " " terminal)))
  78     (when single
  79       (setq qs (concatenate 'string qs " limit 1")))
  80     qs))
  81
  82 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  83   "Find ucon for a cui"
  84   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
  85     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
  86                    :pfstr kpfstr2
  87                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
  88
  89
  90 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
  91   "Find ucon for a cui"
  92   (with-umlisp-query ('mrcon (kcuilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
  93     (make-instance 'ucon :cui (parse-cui cui)
  94                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)
  95                    :pfstr nil)))
  96
  97 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
  98   "Find preferred string for a cui"
  99   (with-umlisp-query ('mrcon (kpfstr) srl 'cui (parse-cui cui) :single t)
 100     kpfstr))
 101
 102 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 103   "Find list of ucon for lui"
 104   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'lui (parse-lui lui) :distinct t)
 105     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 106                    :pfstr kpfstr
 107                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 108
 109 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 110   "Find list of ucon for sui"
 111   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'sui (parse-sui sui) :distinct t)
 112     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 113                    :pfstr kpfstr
 114                    :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 115
 116 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 117   "Find ucon for cui/sui"
 118   (when (and cui sui)
 119     (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'kcuisui
 120                                (make-cuisui (parse-cui cui) (parse-sui sui)))
 121       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 122                      :pfstr kpfstr
 123                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 124
 125 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 126   "Find ucon that are exact match for str"
 127   (with-umlisp-query ('mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl 'str str :distinct t)
 128     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 129                    :pfstr kpfstr
 130                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 131
 132 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 133   "Return list of all ucon's"
 134   (with-sql-connection (db)
 135     (clsql:map-query
 136      'list
 137      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 138          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 139                         :pfstr pfstr
 140                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 141      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :terminal "order by CUI asc" :distinct t)
 142      :database db)))
 143
 144 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 145   "Map a function over all ucon's"
 146   (with-sql-connection (db)
 147     (clsql:map-query
 148      nil
 149      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 150          (funcall fn
 151                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 152                                  :pfstr pfstr
 153                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 154      (query-string 'mrcon '(cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :terminal "order by CUI asc" :distinct t)
 155      :database db)))
 156
 157
 158 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 159   "Return a list of udefs for cui"
 160   (with-umlisp-query ('mrdef (sab def) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 161     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 162
 163 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 164   "Return a list of usty for cui"
 165   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 166     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 167
 168 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 169   "Return a list of usty that match word"
 170   (with-umlisp-query ('mrsty (tui sty) srl 'sty word :lrlname 'klrl :like t :distinct t)
 171     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 172
 173 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 174   "Return a list of urel for cui"
 175   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui) :lrlname "KSRL")
 176     (make-instance 'urel :cui1 (parse-cui cui) :rel rel :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela
 177                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 178
 179 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 180   "Return a list of urel for cui2"
 181   (with-umlisp-query ('mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2) :lrlname "KSRL")
 182     (make-instance 'urel :cui2 (parse-cui cui2) :rel rel :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela
 183                    :sab sab :sl sl :mg mg :pfstr2 kpfstr2))))
 184
 185 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 186   (mapcar
 187    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 188    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))))
 189
 190 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 191   "Return a list of ucoc for cui"
 192   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui1 (parse-cui cui)
 193                              :lrlname "KSRL" :terminal "order by COF asc")
 194     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 195     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 196     (make-instance 'ucoc :cui1 (parse-cui cui) :cui2 (ensure-integer cui2) :soc soc :cot cot
 197                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 198
 199 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 200   "Return a list of ucoc for cui2"
 201   (with-umlisp-query ('mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl 'cui2 (parse-cui cui2)
 202                              :lrlname "KSRL" :terminal "order by COF asc")
 203     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 204     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 205     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 (parse-cui cui2) :soc soc :cot cot
 206                    :cof (ensure-integer cof) :coa coa :pfstr2 kpfstr2)))
 207
 208 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 209   "List of ucon with co-occurance cui2"
 210   (mapcar
 211    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 212    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 213
 214 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 215   "Return a list of ulo for cui"
 216   (with-umlisp-query ('mrlo (isn fr un sui sna soui) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname "KLRL")
 217     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un :sui (ensure-integer sui) :sna sna
 218                    :soui soui)))
 219
 220 (defgeneric suistr (lo))
 221 (defmethod suistr ((lo ulo))
 222   "Return the string for a ulo object"
 223   (find-string-sui (sui lo)))
 224
 225 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 226   "Return a list of uatx for cui"
 227   (with-umlisp-query ('mratx (sab rel atx) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'ksrl)
 228     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 229
 230
 231 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 232   "Return a list of uterm for cui"
 233   (with-umlisp-query ('mrcon (lui lat ts kluilrl) srl 'cui (parse-cui cui) :lrlname 'kluilrl
 234                              :distinct t)
 235     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui (parse-cui cui)
 236                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer lrl))))
 237
 238 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 239   "Return a list of uterm for lui"
 240   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lat ts kluilrl) srl 'lui (parse-lui lui)
 241                              :lrlname 'kluilrl :distinct t)
 242     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui (parse-lui lui)
 243                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 244
 245
 246 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 247   "Return single uterm for cui/lui"
 248   (with-umlisp-query ('mrcon (lat ts kluilrl) srl 'kcuilui
 249                              (make-cuilui (parse-cui cui) (parse-lui lui))
 250                              :lrlname 'kluilrl :single t)
 251     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl)))))
 252
 253 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 254   "Return a list of ustr for cui/lui"
 255   (with-umlisp-query ('mrcon (sui stt str lrl) srl 'kcuilui (make-cuilui cui lui) :lrlname 'lrl)
 256     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 257                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 258                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 259
 260 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 261   "Return the single ustr for cuisui"
 262   (with-umlisp-query ('mrcon (lui stt str lrl) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'lrl :single t)
 263     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 264                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :lrl (ensure-integer lrl))))
 265
 266 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 267   "Return the list of ustr for sui"
 268   (with-umlisp-query ('mrcon (cui lui stt str lrl) srl 'sui (parse-sui sui) :lrlname 'lrl)
 269     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 270                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) (parse-sui sui))
 271                    :lui (ensure-integer lui)
 272                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 273
 274 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 275   "Return the list of ustr for sab"
 276   (with-umlisp-query ('mrso '(kcuisui) srl 'sab sab :lrlname 'srl)
 277     (let ((cuisui (ensure-integer (car tuple))))
 278       (apply #'find-ustr-cuisui
 279              (append
 280               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui)) (list :srl srl))))))
 281
 282 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 283   "Return list of all ustr's"
 284     (with-sql-connection (db)
 285       (clsql:map-query
 286        'list
 287        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 288            (setq cui (ensure-integer cui))
 289            (setq lui (ensure-integer lui))
 290            (setq sui (ensure-integer sui))
 291            (setq lrl (ensure-integer lrl))
 292            (make-instance 'ustr :cui cui
 293                           :lui lui
 294                           :sui sui
 295                           :cuisui (make-cuisui cui sui)
 296                           :stt stt
 297                           :lrl lrl
 298                           :str pfstr))
 299        (query-string 'mrcon '(cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrlname 'lrl :distinct t
 300                      :terminal "order by SUI asc")
 301        :database db)))
 302
 303 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 304   "Return the string associated with sui"
 305   (with-umlisp-query ('mrcon '(str) srl 'sui sui :lrlname 'lrl :single t)
 306     (car tuple)))
 307
 308 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 309   (with-umlisp-query ('mrso (sab code srl tty) srl 'kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrlname 'srl)
 310       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 311
 312 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 313   (with-umlisp-query ('mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela cx) srl 'kcuisui
 314                              (make-cuisui cui sui) :lrlname 'ksrl)
 315     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 316                    :cxn (ensure-integer cxn)
 317                    :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd :rela rela :xc xc
 318                    :rnk (ensure-integer rnk)
 319                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 320
 321 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 322   (let ((ls (format nil "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where ")))
 323     (cond
 324       (sui (string-append ls (format nil "KCUISUI=~d" (make-cuisui cui sui))))
 325       (lui (string-append ls (format nil "KCUILUI=~d and sui=0" (make-cuilui cui lui))))
 326       (t (string-append ls (format nil "cui=~d and lui=0 and sui=0" cui))))
 327     (when srl
 328       (string-append ls (format nil " and KSRL <= ~d" srl)))
 329     (let ((usats '()))
 330       (dolist (tuple (mutex-sql-query ls))
 331         (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 332           (push (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)
 333                 usats)))
 334       (nreverse usats))))
 335
 336
 337 (defun find-usty-tui (tui)
 338   "Find usty for tui"
 339   (with-umlisp-query ('mrsty (sty) nil 'tui (parse-tui tui) :single t)
 340     (make-instance 'usty :tui (parse-tui tui) :sty sty)))
 341
 342 (defun find-usty-sty (sty)
 343   "Find usty for a sty"
 344   (with-umlisp-query ('mrsty (tui) nil 'sty sty :single t)
 345     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 346
 347 (defun find-usty-all ()
 348   "Return list of usty's for all semantic types"
 349   (with-umlisp-query ('mrsty '(tui) nil nil nil :distinct t)
 350     (find-usty-tui tui)))
 351
 352 (defun find-usab-all ()
 353   "Find usab for a key"
 354   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil nil nil)
 355     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 356                    :rcui (ensure-integer rcui)
 357                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 358                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 359                    :srl (ensure-integer srl)
 360                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 361                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 362                    :curver curver :sabin sabin)))
 363
 364 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 365   "Find usab for a key"
 366   (with-umlisp-query ('mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver mstart mend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat cenc curver sabin) nil key-name key :single t)
 367     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 368                    :rcui (ensure-integer rcui)
 369                    :vsab vsab :rsab rsab :son son :sf sf :sver sver :mstart mstart
 370                    :mend mend :imeta imeta :rmeta rmeta :slc slc :scc scc
 371                    :srl (ensure-integer srl)
 372                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 373                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 374                    :curver curver :sabin sabin)))
 375
 376 (defun find-usab-rsab (rsab)
 377   "Find usab for rsab"
 378   (find-usab-by-key "RSAB" rsab))
 379
 380 (defun find-usab-vsab (vsab)
 381   "Find usab for vsab"
 382   (find-usab-by-key "VSAB" vsab))
 383
 384 (defun find-cui-max ()
 385   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 386
 387 ;;;; Cross table find functions
 388
 389 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 390   "Find list of ucon for tui"
 391   (with-umlisp-query ('mrsty (cui) srl 'tui (parse-tui tui) :lrlname 'klrl :terminal "order by cui desc")
 392     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 393
 394 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 395   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 396   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 397                                 :lrlname 'klrl :terminal "order by cui desc")
 398     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 399
 400 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 401   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 402   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 403                                 :lrlname 'klrl :terminal "order by cui desc")
 404     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 405
 406 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 407   "Return list of ustrs that match word"
 408   (with-umlisp-query ('mrxw_eng (cui sui) srl 'wd word
 409                                 :lrlname 'klrl
 410                                 :terminal "order by cui desc, sui desc")
 411     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 412
 413 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 414   "Return list of ustrs that match word"
 415   (with-umlisp-query ('mrxnw_eng (cui sui) srl 'nwd word :lrlname 'klrl
 416                                  :terminal "order by cui desc, sui desc")
 417     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 418
 419 ;; Special tables
 420
 421 (defun find-usrl-all ()
 422   (with-umlisp-query ('usrl (sab srl) nil nil nil :terminal "order by sab desc")
 423     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl)) usrls))
 424
 425 ;;; Multiword lookup and score functions
 426
 427 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 428   "Return sorted list of ucon's that match a multiword string"
 429   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 430          (ucons '()))
 431     (dolist (word words)
 432       (setq ucons (append ucons (find-ucon-word word :srl srl))))
 433     (sort-score-ucon-str str (delete-duplicates ucons :test #'eql :key #'cui))))
 434
 435 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*))
 436   "Return sorted list of ustr's that match a multiword string"
 437   (let* ((words (delimited-string-to-list str #\space))
 438          (ustrs '()))
 439     (dolist (word words)
 440       (setq ustrs (append ustrs (find-ustr-word word :srl srl))))
 441     (sort-score-ustr-str str (delete-duplicates ustrs :test #'eql :key #'cui))))
 442
 443 (defun sort-score-ucon-str (str ucons)
 444   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 445   (sort-score-umlsclass-str ucons str #'pfstr))
 446
 447 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 448   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 449   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 450
 451 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 452   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 453   (let ((scored '()))
 454     (dolist (obj objs)
 455       (push
 456        (list obj
 457              (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 458        scored))
 459     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 460
 461 (defun score-multiword-match (s1 s2)
 462   "Score a match between two strings with s1 being reference string"
 463   (let* ((word-list-1 (delimited-string-to-list s1 #\space))
 464          (word-list-2 (delimited-string-to-list s2 #\space))
 465          (n1 (length word-list-1))
 466          (n2 (length word-list-2))
 467          (unmatched n1)
 468          (score 0)
 469          (nlong 0)
 470          (nshort 0)
 471          short-list long-list)
 472     (declare (fixnum n1 n2 nshort nlong score unmatched))
 473     (if (> n1 n2)
 474         (progn
 475           (setq nlong n1)
 476           (setq nshort n2)
 477           (setq long-list word-list-1)
 478           (setq short-list word-list-2))
 479       (progn
 480         (setq nlong n2)
 481         (setq nshort n1)
 482         (setq long-list word-list-2)
 483         (setq short-list word-list-1)))
 484     (decf score (- nlong nshort)) ;; reduce score for extra words
 485     (dotimes (iword nshort)
 486       (declare (fixnum iword))
 487       (kmrcl:aif (position (nth iword short-list) long-list :test #'string-equal)
 488            (progn
 489              (incf score (- 10 (abs (- kmrcl::it iword))))
 490              (decf unmatched))))
 491     (decf score (* 2 unmatched))
 492     score))
 493
 494
 495 ;;; LEX SQL functions
 496
 497 (defun find-lexterm-eui (eui)
 498   (with-umlisp-query ('lrwd (wrd) nil 'eui eui :single t)
 499     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 500
 501 (defun find-lexterm-word (wrd)
 502   (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 503     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 504                    :wrd (copy-seq wrd))))
 505
 506 ;; LEX SQL Read functions
 507
 508 (defun find-labr-eui (eui)
 509   (with-umlisp-query ('lrabr (bas abr eui2 bas2) nil 'eui eui)
 510     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 511                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 512
 513 (defun find-labr-bas (bas)
 514   (with-umlisp-query ('labr (eui abr eui2 bas2) nil 'bas bas)
 515     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 516                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 517
 518 (defun find-lagr-eui (eui)
 519   (with-umlisp-query ('lragr (str sca agr cit bas) nil 'eui eui)
 520     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 521                    :cit cit :bas bas)))
 522
 523 (defun find-lcmp-eui (eui)
 524   (with-umlisp-query ('lrcmp (bas sca com) nil 'eui eui)
 525     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 526
 527 (defun find-lmod-eui (eui)
 528   (with-umlisp-query ('lrmod (bas sca psn_mod fea) nil 'eui eui)
 529     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psnmod :fea fea)))
 530
 531 (defun find-lnom-eui (eui)
 532   (with-umlisp-query ('lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil 'eui eui)
 533     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 534                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 535
 536 (defun find-lprn-eui (eui)
 537   (with-umlisp-query ('lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil 'eui eui)
 538     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 539                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 540
 541 (defun find-lprp-eui (eui)
 542   (with-umlisp-query ('lrprp (bas str sca fea) nil 'eui eui)
 543     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 544
 545 (defun find-lspl-eui (eui)
 546   (with-umlisp-query ('lrspl (spv bas) nil 'eui eui)
 547     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 548
 549 (defun find-ltrm-eui (eui)
 550   (with-umlisp-query ('lrtrm (bas gen) nil 'eui eui)
 551     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 552
 553 (defun find-ltyp-eui (eui)
 554   (with-umlisp-query ('lrtyp (bas sca typ) nil 'eui eui)
 555     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 556
 557 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 558   (make-instance 'lwd :wrd
 559                  :euilist (with-umlisp-query ('lrwd (eui) nil 'wrd wrd)
 560                             (ensure-integer eui))))
 561
 562 ;;; Semantic Network SQL access functions
 563
 564 (defun find-sdef-ui (ui)
 565   (with-umlisp-query ('srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 566                              nil 'ui ui :single t)
 567     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl styrl :stnrtn stnrtn
 568                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 569
 570 (defun find-sstre1-ui (ui)
 571   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui2 ui3) nil 'ui ui)
 572     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 573                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 574
 575 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 576   (with-umlisp-query ('srstre1 (ui ui3) nil 'ui2 ui2)
 577     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 578                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 579
 580 (defun find-sstr-rl (rl)
 581   (with-umlisp-query ('srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil 'rl rl)
 582     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl styrl :styrl2 styrl2 :ls ls)))
 583
 584 (defun find-sstre2-sty (sty)
 585   (with-umlisp-query ('srstre2 (rl sty2) nil 'sty sty)
 586     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 587
 588 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 589   (with-umlisp-query ('srstr (rl sty_rl2 ls) nil 'styrl styrl)
 590     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 styrl2 :ls ls)))